自己Resです。あの後少し考えたのですが、{config_load}で全部のテンプレートに設定を読み込ませるのも少々手間ですね。
少し調べてみましたが、どうやらdtb_baseinfoのカラムは全て無条件に{$arrSiteInfo}に読み込まれるようですので、いっそのこと直接dtb_baseinfoにカラムを追加してしまったほうがいいかもしれませんね。
どうせフラグのOn/Offだけですから、更新はSQLのupdate文で行うことにしてしまいましょう。
これで管理画面は修正せずに済みますし、テンプレート側もすっきりします。

しかし……ODBCで読み込むと（どんなエンコードを指定しても）日本語部分が文字化けしてしまうのはどうにかならないでしょうかね？
やはり大本のテーブル定義でエンコードを指定していないことが影響しているのでしょうが……ここはあまり弄りたくないしなぁ