おお〜おめでとうございますっ！(｀・ω・´)
combination_id系のメッセージエラーについて調べたところ、どうやらEC-CUBEのバージョン2.11系で
combination系（規格関連）を使用していたそうです。
そして、combination系情報はバージョン2.12系で廃止されたっぽいですね。

つまり、kaeさんの環境はデータベースは2.12系だが、プログラムは2.11系なのかもしれないです。
過去の書き込みを見させていただきましたが、環境移行の際、EC-CUBEのインストーラーは使用されましたでしょうか？
また、ファイル（プログラム）の置換などはどのようにされましたでしょうか？
さしつかえの無い範囲で構いませんので、よろしければ、ご返答お願いします！


複製の件の回答ですが、これも他の箇所にエラーが発生する可能性がありますので、ご注意くださいです。

【1】
1000から1100行目付近にある
// 複製元商品の規格組み合わせデータ登録
// 登録した組み合わせIDを取得
$arrRetCombinationId = $this->lfRegistClassCombination($arrProductsClass);
という行を
1000から1100行目付近にある
// 複製元商品の規格組み合わせデータ登録
// 登録した組み合わせIDを取得
// $arrRetCombinationId = $this->lfRegistClassCombination($arrProductsClass);
に変更する

【2】
変更をした少ししたの行に
$sqlval['class_combination_id'] = $arrRetCombinationId[$arrData['class_combination_id']];
という行があるので、これを
// $sqlval['class_combination_id'] = $arrRetCombinationId[$arrData['class_combination_id']];
に変更する

以上の変更で動くかと思われます(´・ω・｀)自信ないけど。。。
一度試してくださいな♪