かなり時間がたっておりますが、記録のため...
2.13.1バージョンでも同様にエラーが発生します。

「注文番号を変更しようとデータベースのdtb_order_order_id_seqの中身を変更したら、下記エラーが出てきてしまいました。」
おそらくこの作業はphpMyAdminを使用して、Autoincrement値を直接編集すると二重にシーケンスが発行されるようです。

1)一旦dtb_order_order_id_seqテーブルを完全に削除する
2)以下のSQLを実行(現在の注文番号は215番という条件)
CREATE TABLE IF NOT EXISTS `dtb_order_order_id_seq` (
`sequence` int(11) NOT NULL AUTO_INCREMENT,
PRIMARY KEY (`sequence`)
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8 AUTO_INCREMENT=216 ;

INSERT INTO `dtb_order_order_id_seq` (`sequence`) VALUES
(215);

3)こちらのSQLを実行して完了
ALTER TABLE dtb_order_order_id_seq AUTO_INCREMENT = 任意の番号;