ども。

１．カテゴリ登録
こちらはカテゴリーで管理する。
ペアリング
男性用
女性用

２．規格
規格は
サイズ（男性）で、分類を号数にする。
サイズ（女性）で、分類を号数にする。

３.商品登録時
ペアリングカテゴリに所属する商品は、規格を男性用と女性用ともに設定する。
男性用カテゴリに所属する商品は、規格を男性用のみに設定する。
女性用カテゴリに所属する商品は、規格を女性用のみに設定する。

これで大丈夫そうじゃないですかね？

ちなみに、この場合ペアリングが更新出来なくなる可能性もありますので、その場合は、http://namahage.blog.jp/archives/52325803.html
を参考に設定値を変更してください。