こんにちわ。

規格画面でチェックを外して登録すると、その規格は削除されたものとして扱われます。
そのため、その規格に関する内容は初期値に戻ります。

最も簡易な方法ですが、欠品なのであれば、在庫数に「0」と設定して登録するのはいかがでしょうか。
標準のEC-CUBEであれば、規格に「品切れ」と表示されて購入できないようになります。