> SC_Helper_Payment.phpにて以下の記述があり、支払い方法のdtb_moduleにダウンロードされたモジュールをdtb_paymentに登録する作業をしていると思われます。

まず、SC_Helper_Payment::save()は、そうではなく、
基本情報管理＞支払方法設定にて、支払方法の新規登録・編集を行った際の処理だと思います。

ただ、決済モジュールによっては、このメソッドを利用しているかもしれませんので、場合によっては、モジュールの上書き
の際にお望みの処理を行わせることはできるかもしれません。

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