ありがとうございました。
試行錯誤の上、なんとか解決しました。
まず非公開商品を出さないようにするのは
where = ‘T2.del_flg = 0 and T2.status = 1 and T3.category_id IN ( ? , ? )’;
ではなく、
where = ‘T2.del_flg = 0 and T1.status = 1 and T3.category_id IN ( ? , ? )’;
でいけました。

消費税込価格表示は、応急処置として、
$col = ‘T1.product_id, T1.main_list_image, T1.name, T2.price02*1.08 AS price02_min’;
というように単純に1.08をかけて計算するようにしました。
ただこれだと、今後消費税が変わった時に都度修正しなければなりませんね。^^;
もう少し勉強して「*1.08」の部分を税金を呼び出す関数を調べたいと思っております。

皆様、アドバイス、ありがとうございました！