EC-CUBE2.0.1正式版をテストさせていただいてます。すばらしいプログラムをありがとうございます。

本題に入ります。
管理画面のパラメータ設定より、パラメータの数値を変更すると、商品登録時または商品更新時に関連商品が表示されなくなります。

キャッシュにあるmtb_constants.phpよりRECOMMEND_PRODUCT_MAXが消えてしまうためだと思います。

キャッシュがないときは、mtb_constants_init.phpよりキャッシュをつくるので、RECOMMEND_PRODUCT_MAXは存在します。
しかし、パラメーター設定のページは、データベースのmtb_constantsよりパラメーター管理のフォームを作り、そのデータベースのmtb_constantsにRECOMMEND_PRODUCT_MAXがいないので、パラメータ設定を動かすとその存在が消えてしまうようです。

自分なりにソースコードを追ってみましたが、間違っていたら大変申し訳ありません。
よろしくご検討ください。