こんにちわcomebackと申します。
すばらしいツールをありがとうございます。

私も2.0.1版でテストをしていますが、terarinさん同様の現象を確認しています。
商品マスタで新規の商品登録をしていて関連商品を表示できなかったため気がつきました。
登録済み商品の関連商品も表示されません。

表示されなくなったタイミングははっきりしませんが、商品登録後にパラメータの値を変更しています。

また、関連するかどうか判断できませんが、商品コードを設定せずに登録した商品があるのに気がつき、後日編集をしよう試みましたが、その商品に限り、編集画面に商品コード欄が表示されません。
商品マスタの検索結果にある表では商品コード欄と価格欄がそれぞれ「-」になっています。（ただし価格は設定しており、ショップサイトでは表示されます。