当方でも同じ現象がでています。

調査方法などご教授いただけるとありがたいのですが。
また、初心者的な質問ですが、
action="?"の場合、action先はどのように決められているのですか。

■当方の環境
MacOS 10.10.4
ブラウザ　safari
EC-CUBE 2.13.2
jquery 1.4.2min
ブラウザーのコンソールにはエラーメッセージなし

次の三つの環境で、list.tplのfnInCartにconsole出力などを入れて確認をしています
1)当方のカスタマイズ環境
　・submit後、次の行に進んでしまっている
　・submitのreturn値を確認しようとしたが、意味不明
　　　alertで確認。値は[object Object]
・呼び出し時のcartFormの値
　　　[Log] [ (list.php, line 129)
<form name=​"product_form6" action=​"?​" onsubmit=​"return false;​">​
<input type=​"hidden" name=​"transactionid" value=​"3a044624a047961d636b172ae668f72156f9f08a">​
<input type=​"hidden" name=​"product_id" value=​"6">​
<input type=​"hidden" name=​"product_class_id" id=​"product_class_id6" value=​"14">​
<div class=​"list_area clearfix">​…​</div>​
<input type=​"hidden" name=​"mode" value>​
<input type=​"hidden" name=​"category_id" value=​"1">​
<input type=​"hidden" name=​"maker_id" value=​"0">​
<input type=​"hidden" name=​"name" value>​
<input type=​"hidden" name=​"orderby" value>​
<input type=​"hidden" name=​"disp_number" value=​"15">​
<input type=​"hidden" name=​"pageno" value>​
<input type=​"hidden" name=​"rnd" value=​"lok">​
</form>​
]

2)当方のカスタマイズ環境にオリジナルのlist.tplを入れ替えて確認
　結果：1)と同じ

3)全てオリジナルな環境
　結果：正常にカートの内容を表示
　・ ・呼び出し時のcartFormの値
[Log] [ (list.php, line 126)
<form name=​"product_form2" action=​"?​" onsubmit=​"return false;​">​
<input type=​"hidden" name=​"transactionid" value=​"90814962536f7b8e2a5ce396a7c2a7137e26a9b2">​
<input type=​"hidden" name=​"product_id" value=​"2">​
<input type=​"hidden" name=​"product_class_id" id=​"product_class_id2" value=​"10">​
<div class=​"list_area clearfix">​…​</div>​
<input type=​"hidden" name=​"mode" value>​
<input type=​"hidden" name=​"category_id" value=​"1">​
<input type=​"hidden" name=​"maker_id" value=​"0">​
<input type=​"hidden" name=​"name" value>​
<input type=​"hidden" name=​"orderby" value>​
<input type=​"hidden" name=​"disp_number" value=​"15">​
<input type=​"hidden" name=​"pageno" value>​
<input type=​"hidden" name=​"rnd" value=​"uea">​
</form>​
]