解決済みとしていたにも関わらず、
投稿いただきありがとうございます。
同じ現象に悩んでいる方がおられたようで、安心し、心強く思えました。



おそらく、
「クロネコヤマト送り状発行ソフトB2対応CSVダウンロードプラグイン(2.13系)」
上記を提供している[ボクブロック株式会社 様]に問い合わせを行った為、
改善版をリリースしていただいたのかと思われます。


●下記リリースノートがありました。
競合によるボタン非表示不具合修正(2014/10/10)（2014/10/15）
一部の決済モジュールと併用するとCSV出力ボタンが表示されない不具合を修正しました。


現在のバージョンではボタンが消えないよう対応済みのようです。


ですので、
おそらく再インストールによって、
新しいバージョンがインストールされ、
ボタンが表示されたのかと思います。


また、
EC-CUBEの管理画面
　・オーナーズストア
　　┗プラグイン管理
にて、
「競合する可能性があります。」と表示が出てしまいますが、
[ボクブロック株式会社 様]へ

>最新版にバージョンアップを行いましたところ、
>【* クロネコwebコレクト決済コア機能プラグインと競合する可能性があります。】
>と決済プラグインと競合表示がでるようになってしまいました。
>
>以前のバージョンの際は表示は出ていなかった為、
>もし、決済プラグインが正常に動かなくなると問題がある為、
>修正等のご検討を頂ければ幸いです。
>表示が出てても、決済処理に問題がなければ問題はないのですが。

と、問い合わせを行いました結果、
下記の回答をいただけました。

引用：

動作に問題はないようです。



また、良い方法ではないかと思いますが、
　・オーナーズストア
　　┗プラグイン管理
　　　┗フックポイント管理
にて、
「クロネコwebコレクト決済コア機能プラグイン」の
「LC_Page_Admin_Order_action_after」を、offとすることにより、
受注管理が自分でカスタマイズした状態で表示され、
CSVダウンロードのボタンも消えませんでした。


ただし、これに関しましては、
決済モジュールが正常に動作するのかわからない為、
おすすめはできません。


当方では、
予約販売を行っていない状態で、
現在、通常のクレジットカード決済に問題は発生しておりませんが、
決済モジュールのどの部分で不具合が発生するのかわからない状況です。
(一応、決済テストは行い、正常に決済されるか確認してから導入いたしました。)


これに関しましては、
[ヤマトフィナンシャルカスタマーサービスセンター 様]へ問い合わせも行いましたが、
引用：
とのことで、不具合が生じる可能性もあります。
結果、やはり自己責任となってしまいます。



以上、どなたかの参考になれば幸いです。