商品全削除はデータベースを操作することで可能です。

データベースは何を使用していますでしょうか？
(MySQLとかpostgreSQLとかです)

postgreSQLの場合でしたら

dtb_products_class(商品クラス情報)
dtb_product_categories(商品とカテゴリの結びつき。)
dtb_trackback(トラックバック情報)
dtb_best_products(おすすめ商品ブロック情報)
dtb_recommend_products(おすすめ商品情報)
dtb_review(レビュー情報)
dtb_customer_favorite_products(お気に入り情報)

上記の各テーブルの中身を空にしてあげて
各シーケンスを元に戻してあげてください。
※なにか抜けてたら教えて下さい。


後は
商品画像のアップロード先ディレクトリ内の画像を削除する
→ html/upload/save_image


ただ、この操作はデータベースに詳しくない場合は行わないほうが良いです。
間違うとサイトが動かなくなる可能性も有ります。


miiitakaさんの言うとおり一度サイトをアンイストールしてはいかがでしょうか？
そのほうが簡単かもしれません。