手元の近い環境（EC-CUBE2.12.2、PHP5.3.26、MySQL 5.5.22）で確認してみましたが、特に同一エラーは発生しませんでした。

エラーの内容を見ると、MySQL側でorder_idというカラム名が、
複数テーブル対象のSELECTで使われており、どちらのテーブルのorder_idを使うかが
判断できない、というエラーになります。

なので例えば

SELECT * FROM dtb_order, ( SELECT MIN(shipping_id) AS shipping_id, dtb_shipping.order_id FROM dtb_shipping WHERE del_flg = 0 GROUP BY order_id ) T2 LEFT JOIN dtb_shipping ON T2.shipping_id = dtb_shipping.shipping_id AND T2.order_id = dtb_shipping.order_id WHERE dtb_order.del_flg = 0 AND dtb_order.order_id = T2.order_id ORDER BY dtb_shipping.order_id LIMIT 0, 10

のように、order_idに明示的にDB名を指定すれば動作すると思います。
（SQLが通ることは確認してますが、プラグイン機能が正しく動くかまでは確認していませんのでご注意ください）