よくよく、質問内容を確認すると、
「イプシロンで決済された受注データが反映されない」という質問のようで、私が対応した内容と違いますね・・。

失礼しました。

私のほうでは、
「イプシロンで決済された際のトランザクションコードが反映（表示）されない」
という内容の対応となります。
以前のバージョンまでは、memo02にトランザクションコードがはいっていたのですが、他のバージョンは分かりませんがVer2.13.2ではその処理が抜けています。

で、質問内容をみると、

クレジット決済以外は正常。
クレジット決済のみ、受注管理に上がっていない
決済完了後は、EC-CUBEに戻ってくる（注文メールは飛んでる？）

という事のようで。
以下の確認をしながら原因を探す方法になるかと思います。

１．イプシロンモジュールはバージョン対応しているか。
当方は、下記URLを利用しています。対応バージョンに2.13.2は記載されていませんが、利用できています。
http://www.ec-cube.net/products/detail.php?product_id=184

２．イプシロン側の接続先URLの確認
URLを入力する全4か所すべて、
・・・/shopping/load_payment_module.php
を登録しているか。

３．dtb_orderに該当の注文データがあるか、あった場合はstatusやdel_flgも確認。

４．ORDER_PRE_ENDのコードを確認
イプシロンの決済完了時、
data/downloads/module/mdl_epsilon/LC_Page_Mdl_Epsilon.php
の143行目で、ステータスを「入金済み」にしてアップデートし、その後注文メールを送信しています。
その際、対応状況にORDER_PRE_ENDという定数を使ってアップデートしています。
このORDER_PRE_ENDはデフォルトでは6番になっているはずです。
管理画面のマスターデータ管理のmtb_order_stusで、IDが6番を確認して、「入金済み」になっているか確認


こんな感じでしょうか。