こんにちわ。

EC-CUBEで競合が表示されるケースは、
同じプログラムに対して複数のプラグインが処理を拡張している、
という場合なのですが、それにより不具合が発生するかというと、
必ずしもそうではありません。

GMO後払いモジュールについても内容を確認してみたところ
少なくとも競合部分については問題はないように思えます。

※GMO後払いの競合が表示されているのはプラグインだと思いますが、
　アップデートするのはプラグインではなくモジュールの方ですね。
　サポートにご連絡頂いているとのことですので、問題無いとは思いますが念のため。

GMO後払い決済の取引キャンセルについてですが、
これは決済のみがキャンセルになったのでしょうか。
それとも受注自体がキャンセルになったのでしょうか。

もし受注自体がキャンセルになったのであれば、
EC-CUBEの設定で解決する可能性があります。