ご回答ありがとうございます。

>※GMO後払いの競合が表示されているのはプラグインだと思いますが、
>アップデートするのはプラグインではなくモジュールの方ですね。

間違えていました。
モジュールのアップデートです。

>GMO後払い決済の取引キャンセルについてですが、
>これは決済のみがキャンセルになったのでしょうか。
>それとも受注自体がキャンセルになったのでしょうか。

EC-CUBEの管理画面、受注管理から出荷報告を行った際に
出荷報告ではなく取引キャンセルとしてGMOに方へ送信されたみたいです。

しかし、全てのGMO後払いの取引ではなく２件だけでした。