ご連絡ありがとうございます。

やはり原因はGMOのモジュール・プラグインそのものにある
可能性が高いと思われます。
競合が原因であれば、全ての決済が取引キャンセルになる方が
自然だと思われるのと、本当の意味で処理が競合している箇所が
現時点では見当たらないためです。

※GMO後払いではなく、GMO決済での事例ですが、
　弊社の一部お客様の環境において、ごく稀に勝手に受注が
　キャンセルされるケースがあり、モジュールアップデートで
　解消されたこともございます。