catphileさん、こんにちわ。

返信が遅くなりすみません。

競合についてメッセージは表示されますが、
決済処理そのものには影響はないと思います。

可能であれば、一度どちらも有効にしたまま
NP後払い決済で問題なく購入できること、
Google Analyticsにeコマースデータが反映されること、
をご確認ください。