akinoutaさま、こんにちわ。

引用：
基本的には一度変更すれば大丈夫だと思います。

大きくし足りない場合などで、また重複が出るようであれば
もっと余裕をもって大きな値に変更すればよいと思います。
イプシロンの管理画面などで、登録済み注文番号のもっとも大きい値を確認し、
それより大きい値にすれば確実です。

引用：
EC-CUBE自体は一貫した受注番号を割り振るようになっています。

テスト環境等をご用意されている場合で、最初にその環境にイプシロンを導入し、
決済のテストをすると、その時点でイプシロンに注文番号が登録されてしまいます。
その後、本番環境にもイプシロンを導入して決済すると、テスト時に使われた注文番号は
既に使用済みとなっていてイプシロン側が受け付けなくなります。

つまり、EC-CUBEとしては一貫した受注番号をイプシロンに送りますが、
テスト環境など複数のEC-CUBEから決済するのであれば重複は発生しますよ、
ということです。

複数の環境があり、もし現在も並行して利用している状況なのであれば、
根本解決はできないと思うので、イプシロン様にテスト用途のアカウント申請を
するなどが必要になると思います。

そうでなければ、bratech様のご提案内容を試してみてはいかがでしょうか。
試してみてうまくいかなかったとしても、他に不具合が発生するようなものでもないと思いますので。

引用：
毎日の苦情対応に人件費・工数が取られているのであれば、
プロにご依頼頂いた方が結果的に時間と費用、ひいては機会損失なども
抑えられるという意味かと思います。