横から失礼します。
データが崩れる、というのはExcelでのお話でしょうか。

CSVには確固とした仕様は無いように思いますが、一応下記のルールが一般的です。
○レコードは改行(LF, CR, CR+LF)で区切られる。
○フィールドはカンマ(,)で区切られる。
○フィールドはダブルクオート(")で囲うことが出来る。
　（上記区切り文字がデータの中にある場合は↑は必須）

ここまでは良いのですが、今度はデータの中にダブルクオートがある場合、これも当然何らかのエスケープ処理をしてやる必要があります。
（そうしないと、その次のキャラクターがたまたまカンマや改行文字であった場合、そこでフィールドが終わってしまったり、ダブルクオートの対応が崩れてしまいます。）

このダブルクオートのエスケープが、以前から２通りありまして。
　１．バックスラッシュ(\)でエスケープする方法 (" => \")
　２．ダブルクオート(")でエスケープする方法（" => ""）
で、Excelのデフォルトの仕様は、と今手元のExcel2003で単純に開いてみると、どうやら上記 １．の方の対応が怪しいようです。
もしExcelを利用されている上での問題でしたら、この辺りが原因かも知れません。

ちなみにExcel2003では、２．の方式に手作業で書き換えてみると、改行・ダブルクオート含みの（ちょっと嫌らしい）CSV、ついでにTSVファイル(カンマの代わりにTAB区切り)もすんなり読み込むことが出来ました。

EC-CUBEは１．の方式？っぽいので、これを全て２．の方式に書き換えればとりあえずExcel等での読み込みには支障が出なくなるかも知れません。（ver2系ならSC_Helper_CSV.php 辺り、ver1系なら・・・あちこち ^_^;）

＃ ちなみに、上記で？が付いてしまうのは、EC-CUBEではこの辺りのポリシーがあまり統一や考察されていない様に見える、という部分が気になるからです。是非、一つのシステムの中では、「原理的にシンプルで（できれば正しく）」統一して欲しいもんです。
（例えばSC_Helper_CSV.php の248行目
　　$tmp = ereg_replace("[\",]", " ", $tmp);
　とか、すっごくいやーな空気が漂ってるんですが。）


上記には、間違いや勘違いがあるかも知れません。
開発者の方々や詳しい方の補完が頂ければ幸いです。

よろしくお願いします。