恐らく同様の現象だと思いますが、

CPIでDBサーバをMySQLを選択し、SET NAMES utf8 を発行してデータベースに正常に文字列が表示されているのを確認しました。

で、肝心の管理ページの一部のチェックボックス等の値が表示されない件ですが、
最初にujis等でSQLを発行→表示がおかしいのでutf8でSQL再発行等されていた場合、
サーバのファイル自体をそのまま使用しておりますと、
マスタテーブルから取得してきた値をキャッシュした物(ujis時に取得した物)が残っておりますので、
それを削除してやってから再度ページを表示すると以後正常に表示されるかと思います。

場所は data/cache になります。
cache内のファイルを一旦全て削除してやってください。