新しいEC-CUBEでどうなっていたら良いかを考えてから
逆算して、旧サイトから出力できるデータをどのフィールドへ移すか、
足りないデータをどう補完するか作戦を考えていくと良いと思います。
(yuh様がおっしゃっている通り、カテゴリ、規格を別で準備したり)

10,000点も商品があるのであれば最悪手動で登録する事を考えると
移管用のプログラム作成を専門業者に相談されても良いと思います。