リクエストが2回とんだ場合の処理と、トランザクションは必ずしも関連がある話ではありません。

2回飛ぶ問題は、おそらくボタンなどの構成や何らかのカスタマイズでjavascriptがエラーを起こしていて多重でボタンイベントが発生した場合の処理が動いていないことが考えられます。

トランザクション的な話で考えますと
EC-CUBEでは行ロックを基本的にしていませんので、カスタマイズされている中で、整合性チェックをしっかりやろうとすればするほど、多重に処理される可能性が広がると思います。
（行ロックおよびテーブルロックしていない＝前処理として読み込みが、ほぼ同時に走れば両方とも正の状態になる）

本来のEC-CUBEは、単一処理または短いシンプルな処理において受注処理を完了させる事により二重処理されないように、もしされても後のリクエストデータが有効になるように実装されています。

これらの点を考慮したカスタマイズをするのが良いと思います。
気をつけるべきはトランザクションに頼らない（または理解した）処理を実装する点かと思います。

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