お返事がものスゴく遅くなってしまいすみません！
ずっと気づかずでおりました・・・。
またご意見ありがとうございます。

コマンドラインやサーバのプロセスキル等の情報をありがとうございます。
これまでのスキルから経験外のことなので、早速調べてやってみたいと思います。

あれからもサイト自体は正常に動いていますが、受注データ等が増えたせいか、EC-CUBEのバックアップ管理でバックアップしようとすると、Internal Server Errorが出るようになってしまい、更に不安な状態でおりました。

本当にありがとうございます！