いつもお世話になります。
@ymcにてお試し版のサービスを使用しています。@ymcではeccubeインストールの代行をおこなってくれますのでymcにインストールしてもらいました。
ftpでのログインはルートディレクトリが、pablic_htmlになるようなのですが
ec-cubeがインストールされたディレクトリはpablic_htmlの上の階層にあるディレクトリでしてftpでログインできません。
sshでroot権限を取得すればpablic_htmlの上の階層にあるディレクトリも
操作がかのうなのですが、ftpにはroot権限がなくまた、セキュリティ上ftp
にはrootは与えないよう指示されています。

このままですと、カスタマイズしてからサーバーにアップロードするにはpablic_htmlにftpからアップして、sshでroot権限を取得しファイルの
moveをしてあげないといけません。非常に手間がかかります。

お聞きしたいのですが、public_htmlにec-cubeをインストール(html,dataディレクトリを設置)
すればftpでも操作が可能なのですが、それはセキュリティ的に問題があることでしょうか？

皆様はどのようにインストールされていらっしゃいますでしょうか。