決済モジュールを入れた場合、自動的に支払い方法が追加されます。
追加された支払い方法に対してモジュールが関連付けされるので、後で自分で追加した支払い方法に関しては代引き・銀行振り込みと同じ扱いになります。
phpMyAdminで確認したときにmodule_idやmodule_pathに値が入っているものと入っていないものがあったと思います。

いったん追加したコンビに決済を削除して残ったコンビニ決済だけでテストを行ってみてください。

おそらく正常に動作すると思います。