>.htaccessファイルを置いてエラーになった場合に、
>削除した後もエラーになったままということはあるのでしょうか？

考えにくいですが、キャッシュが残っている、のかもしれません。


ログを残していなかったのであれば、
今からでも設定して頂き、apacheを再起動。

同じ現象が発生すれば、ログが出力されると思います。