反応遅れてすみません。。


--with-openssl=/usr/local

/usr/local 以下にインストールした OpenSSL が古いまま、ということではないでしょうか。
おそらく /usr/local/lib や /usr/local/include へファイルが分散していると思われます。
一般的に、ヘッダーファイルは /usr/local/include にはいるので、こちらのみ更新された状態で、 libphp5.so が作成されたということではないでしょうか。