返信が遅れてしまい申し訳ありません。
再度インストールのテストをしてみたところ、「Version 2.12.6」の方ではDBの初期化をすれば無事インストールが完了しました。
しかし、ECCUBE3の方はやはり初期化の途中でエラーが発生してしまい途中で処理が止まってしまいます。

以下エラー分です。
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Fatal error: Maximum execution time of 30 seconds exceeded in C:\xampp\htdocs\eccube3\vendor\doctrine\dbal\lib\Doctrine\DBAL\Driver\PDOStatement.php on line 35


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上記のエラー内容について何か解決方法はありますでしょうか？