暫定的に自己解決しました。
ただし確信が無く、技術有る方々のフォローを頂ければ幸いです。



まず、管理者宛控えが届かない原因ですが、メール送信に利用している「send」へのパラメータに有るようです。
私が調べたところ、sendを利用してbcc宛にも送信する場合には、第一パラメータの構造を代える必要があるようです。
まだ詳細を調べてないので判りませんが、PHPバージョンにも影響されるのかも知れません。
そのあたりも、詳しい方の解説を頂けると幸いです。


私が改造内容は下記の通りです。


まず、\data\class\SC_SendMail.php内の

// TXTメール送信を実行する
function sendMail() {
$header = $this->getTEXTHeader();
// メール送信
$result = $this->objMail->send($this->to, $header, $this->body);
if (PEAR::isError($result)) {
GC_Utils_Ex::gfPrintLog($result->getMessage());
GC_Utils_Ex::gfDebugLog($header);
return false;
}
return true;
}

　　　　をコピーして暫定的に「２」を作り、パラメータ形式を変更したのが下記。


// TXTメール送信を実行する（bcc付き）
function sendMail2() {
$recipients = array('To' => $this->to,
'Bcc' => $this->bcc);
$header = $this->getTEXTHeader();
// メール送信
$result = $this->objMail->send($recipients, $header, $this->body);
if (PEAR::isError($result)) {
GC_Utils_Ex::gfPrintLog($result->getMessage());
GC_Utils_Ex::gfDebugLog($header);
return false;
}
return true;
}


次に\data\class\helper\SC_Helper_Mail.php内の「受注完了メール送信ファンクション　sfSendOrderMail」の終わりのあたりにある下記行を一部変更。

　　　　if ($objSendMail->sendMail()) {
　　　　　　　　　　↓
　　　　if ($objSendMail->sendMail2()) {


一応これで当方のテストでは問題ないようです。
（お客様宛も、管理者宛控えも届きます。）
変更したコード部分など、ソフト技術のない私が適当に書いた物のため、なにか問題があるかもしれません。
技術のある方々のフォローを頂けると幸いです。