tsuji様

返信が送れてしまって申し訳ありません。
このような情報ほとんど無いような質問に回答いただき、ありがとうございます。

確認したところ、受注情報ですが、入力に不備はありませんでしたが、
削除されている状態でした。

また、ペイデザイン様の方に確認したところ、
決済完了後、ブラウザの戻ボタンで戻ってしまい、
EC-CUBEで決済中止として扱われてしまっているのではないかという事でした。
ちなみに、決済は正常に行われていたようでした。

上記のようなことが起こらないように周知するとともに、
同じ現象が発生した時の処理や、過去の似たような受注を確認し、
詳しく調査してみたいと思います。