すみません、自己解決しました。

$app['eccube.repository.class_category']->findBy(Array('ClassName' => 1,'name' => 'B','del_flg' => 0));

という感じで、規格名Aのidの方である1を'ClassName'で引き渡せば取れましたが、何故ClassNameIdではなくてClassName？？

そして、抽出条件の方はClassNameにIDを指定するのですが、この結果からClassNameを取得すると1ではなくAが取れ、この結果から規格AのIDである1をどうやったら取れるかがわからない…

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その後解決しました

この処理の中でのClassNameは[オブジェクト]なのだと気づきました…
ClassNameのところは、値のセット・取得に直値を指定するのではなくて、ClassNameのエンティティオブジェクトを指定するということですね。