解決したということなので、対応状況「解決済」にしておきます。

…ちなみに、さくらで運用する人が対象ですが、
私も昨日知ったのですが２日程前にさくら共有サーバーでは
EC-CUBE3のクイックインストール機能が追加されたようで…
アップデートもコントロールパネルからできるらしいので、
プラグイン前提でカスタマイズしているユーザーなら、
こちらで入れたら楽勝なのでは…という感じです。