すいません便乗で報告します。
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[EC-CUBE] EC-CUBE 3.04 [新規インストール]
[レンタルサーバ] さくらインターネット
[OS] Windows 10 Pro
[PHP] 5.4
[データベース] MySQL 5.5
[WEBサーバ]
FreeBSD 9.1-RELEASE-p24 amd64
Apache/2.2.29
[ブラウザ] Chrome 6.0.2490.86 m (64-bit)
[導入プラグインの有無] なし
[カスタマイズの有無] なし
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ご指摘のところを修正しましたが、今度は500ではなく404が出ました。

一応、こういう形になっています。

/
+/home
　+/mydomain
　　+/www ←普通のwebサイトのルート
　　　+/foo←ここに別で取得したドメイン※が飛ぶようになっている
　　　　| ..
　　　　| ..
　　　　| ..
　　　　+/shop ←ここにeccubeが入っている
　　　　+/html
　　　　..
　　　　..
　　　　..


※http://foobarfoobar.com/

わかりづらいですが、/fooの下に/shopがあります。

私としては、http://foobarfoobar.com/shop/で、ショップサイトが出るようにしたいのですが、どうすれば良いでしょうか？