上記の件、ある程度解決しました。
が、まだ完全に解決したわけではありません。

現在のところは、eccubeのエラー画面で「ページが見つかりません　URLに間違いがないかご確認ください」となり、その下にある「トップページへ」をクリックすると、http://foobarfoobar.com/のほうに飛んでしまいます。

実際の.htaccessの内容はこうなっています。
−−−−
#order allow,deny
#deny from all
#
DirectoryIndex index.php index.htm index.cgi
#

<IfModule mod_rewrite.c>
#Options +FollowSymlinks
RewriteEngine On
RewriteBase /shop/html/
RewriteRule ^user_data/(.*)$ /shop/html/user_data/$1 [QSA,L]

RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !^(.*)\.(gif|png|jpg|css|ico|js)$ [NC]
RewriteRule ^(.*)$ index.php [QSA,L]

</IfModule>

<FilesMatch "^composer|^autoload|^cli-config|^COPYING|\.(ht|ini|lock|dist|git|sh)$">
order allow,deny
deny from all
</FilesMatch>

<Files ~ "index.php|index_dev.php|index.html">
order deny,allow
allow from all
</Files>

−−−−
まぁDirectoryIndexのところは余計かもしれませんが・・・
イマイチmod_rewriteが理解出来てないので・・・

ご教授頂ければ幸いです。