karinさん、こんにちは。

ご回答ありがとうございます。

テンプレートがあるのに気づきませんでした。
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[EC-CUBE] 3.0.4 （新規インストール）
[レンタルサーバ] ロリポップ
[OS] Linux
[PHP]5.4.32
[データベース] MySQL
[WEBサーバ]
[ブラウザ]
[導入プラグインの有無]
[カスタマイズの有無]
[現象] 分類削除時のエラー
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と書いている途中で、IEを使っていることに気付き、
変えたところ通常通りに動作しました。

data/logs/error.logには、やはりそれらしい記載がありませんでした。

お手間をとらせ、すみません。