kitagawa 様
再度のご意見ありがとうございます。
このサイトではプラグイン、テンプレートは使用していません。
スタイルシートで装飾を変えている程度です。
またカスタマイズもカテゴリーに関係するものはなかった？と思います。
ご指摘のファイルはざっと見たところでは、異常はなさそうです。でも
素のファイルと一字一句比べたわけではありませので、少し時間を取って確認するつもりです。

karin様もご意見ありがとうございました。
rankの件、早速調べてみましたが、重複はありませんでした。

確認実験として、重複しているカテゴリーの商品を１点づつ、新たにｃｓｖ登録してみました。ひょっとしたら、正しい情報に上書きされて、復旧するのではないか、と考えたからです。
結果はNGで何も変わりませんでした。
やはり、何かがエラーで書き変わってしまったようです。