karin様、tacky様
ご助言くださりありがとうございます。


ショップマスター > 送料設定 > 複数配送を有効にするが有効
　かつ
カート内に複数の商品種別の商品が入っている


こちらの再現ができました。
希望通りラジオボックスは1つだけ表示されます。



// 複数配送時の支払方法

$payments = $this->app['eccube.repository.payment']->findAllowedPayments($deliveries);
$payments = $this->getPayments($payments, $Order->getSubTotal());

この部分の
$payments = $this->getPayments($payments, $Order->getSubTotal());

を削除すると「複数配送を有効」かつ「カート内に複数の商品種別の商品が入っている」場合でも
ラジオボックスが複数表示されることが分かりました。


tacky様のご助言通り
$payments = $this->getPayments($payments, $Order->getSubTotal());
を「// 配送業者をセット」の箇所に追加することでラジオボックスは1つだけの表示になりました。


// 配送業者をセット
$shippings = $Order->getShippings();
$Shipping = $shippings[0];
$payments = $this->app['eccube.repository.payment']->findPayments($Shipping->getDelivery());
$payments = $this->getPayments($payments, $Order->getSubTotal());


いくつかテストしてみましたが不具合は出ておりませんので構築を進めて参ります。

ありがとうございました！