さっそくのお返事、ありがとうございました。

なるほど！
こんなディレクトリがあったのですね！
こちらを使おうと思います。
ちなみに最新 EC-Cube 3 の zip をダウンロードしてきて
展開してみたら
plugin
template
upload
user_data
上記ディレクトリとその配下のディレクトリは
すべてデフォルトで 777 になっていました。
またファイルはすべて 666 でした。
なのでパーミッションで怒られていたのは
わたしが chmod -fR 775 html; chown -fR web:web html; などと
いったようなことをしてしまっていたからでした。。。

どうもありがとうございました。