わかりづらい説明で申し訳ありません。
その設定ですと個別設定した送料×商品個数+地域別送料といった計算になってしまいます。
地域別に設定している送料
例えば商品価格が5000円で送料が大阪1000円、東京1300円だとしたら

大阪の人が商品２点購入した場合
5,000円+1,000円×2=12,000円

東京の人が商品２点購入した場合
5,000円+1,300円×2=12,600円

としたいのです。

色々試してみているのですが能力の限界っぽいです...
今、ShoppingService.php の612行目の
// 配送料合計金額
$Order->setDeliveryFeeTotal($this->getShippingDeliveryFeeTotal($shippings));

あたりを弄ってどうにかできないかと奮闘しているのですが...
$ShipmentItem->getQuantity()
$quantity = $item->getQuantity();
などのQuantityを取得して掛け算すればできそうなんですが、
どうやってもエラーになってしまって...
見当違いな場所弄ってしまってるんでしょうか？