確かにbuilderの中で手書きにするのは反映されるのは分かるんですが、
お伺いしたいのはarray型を呼び出す（取得する）方法なのです・・・。

private $app;
public function __construct(Application $app){
$this->app = $app;
}

$app = $this->app;
$lists = $app['plugin.PluginName.repository.listMasters']->getList();

のようにFormExtensionに記述しても値を取ることができません。
確認したところ$appに必要な情報が入っていないようでした。（なのでサービスが呼び出せていない。）

あと少しのようなのですが、分かる方が居ましたら助言お願いします・・・。

ちなみに
use Eccube\Application;
use Plugin\PluginName\Entity\ListMasters;

はヘッダー部に記載しています。