DELIGHTさんご解説いただきありがとうございます！

確かにマッピングでデータベースアクセス時にソートができれば一番よいですね.....今回はお教えいただいた箇所を参考にして下記の箇所にusortを追加することでフロント側の表示はうまくいきました。

https://github.com/EC-CUBE/ec-cube/blob/3.0.10/src/Eccube/Entity/Product.php#L100

if ($ProductClass->getClassCategory1()) {
$classCategoryId1 = $ProductClass->getClassCategory1()->getId();
if (!empty($classCategoryId1)) {

//規格1ランク用の配列を取得
$cc_rank_1[$ProductClass->getClassCategory1()->getName()] = $ProductClass->getClassCategory1()->getRank();

$this->classCategories1[$ProductClass->getClassCategory1()->getId()] = $ProductClass->getClassCategory1()->getName();
if ($ProductClass->getClassCategory2()) {

//規格2ランク用の配列を取得
$cc_rank_2[$ProductClass->getClassCategory2()->getName()] = $ProductClass->getClassCategory2()->getRank();

$this->classCategories2[$ProductClass->getClassCategory1()->getId()][$ProductClass->getClassCategory2()->getId()] = $ProductClass->getClassCategory2()->getName();
}
}
}

[ループが終わった後に]
// 規格1のソート
uasort($this->classCategories1,function($a, $b) use($cc_rank_1){
if($cc_rank_1[$a] == $cc_rank_1[$b]) return 0;
return $cc_rank_1[$a] < $cc_rank_1[$b];
});

// 規格2のソート
if ($ProductClass->getClassCategory2()) {
uasort($this->classCategories2,function($a, $b) use($cc_rank_2){
if($cc_rank_2[$a] == $cc_rank_2[$b]) return 0;
return $cc_rank_2[$a] < $cc_rank_2[$b];
});
}

あまりスマートではありませんが、これで様子を見ていきます。
もし、不具合などあればまた記載します。
これをもって一旦解決済みとさせていただきます。