yoshisanさん

> http://www.ec-cube.net/products/detail.php?product_id=686
> こちらのメルマガですが、EC-CUBEバージョン3.0.9でも使用することができますでしょうか？

上記はただのHTMLファイルなので、バージョンかかわらず利用できますよ。

> こちらも同じように処理をすると、HTML・画像付のメルマガを送ることは可能でしょうか？

はい、自分が試したのは、このプラグインを修正してみた結果です。

> また、会員登録をされたお客様側で、
> メルマガを受け取る、受け取らないの選択はできるのでしょうか？
> メルマガのテンプレートの登録や編集などもできますでしょうか？

こちらは両方できるようです。

yoshisanさんのイメージと合っているかどうか、一度メルマガプラグインをインストールして動作確認してみたほうがよいかもしれません。