ありがとうございます。
確認しましたら、バージョンが3.0.9となっていました。
3.0.10の各ディレクトリを3.0.9のディレクトリに上書きコピーするときの選択肢で「結合」ではなく「置き換える」にする必要があるようでした。
改めて3.0.10のディレクトリを作り直し、マイグレーションを行いました。

しかし今度は別の問題が発生しました。
サーバーのサイトも管理画面も表示できなくなりました。
HTTP ERROR 500 が発生してしまいます。
デバッグしましたところ、index.phpにおいてEC-CUBEが未インストールと判断され、src/Eccube/Application.php の832行目$path = $dir->getRealPath();で処理落ちしていました。
なお、導入しているプラグインは次の通りです。
GmoEpsilon
Point
Recommend
RelatedProduct