自分も同様の状況で悩んでおります。

Pointプラグインのイベントを見ると下記フックでポイント登録が行われているかと思いますが、このイベントが来ていないのではないかと思います。
（自分はPHPプログラマではないので自信がないです）

## フロント画面 > 商品購入完了(ポイント登録)
service.shopping.notify.complete:
- [onServiceShoppingNotifyComplete, NORMAL]


試しに、イプシロンの決済プラグインのPaymentController.phpの131行目に下記コードを追加したところポイントの追加が確認できました。
（ソフトバンクペイメントプラグインからのコピペです）

if (version_compare(Constant::VERSION, '3.0.10', '>=')) {
// 受注完了を他プラグインへ通知する.
$this->app['eccube.service.shopping']->notifyComplete($Order);
}


これで完全に旨くいくかわかりませんが、情報共有として記載いたします。
ただ自分の環境では、クレジットカード決済ではメールへのポイントの記載がありますが、コンビニ支払いでは何故かポイントの記載がありません。
コンビニ支払い情報の追加あたりが怪しいかと調査中です。
（上記変更でポイントの追加はあります。）


また、別件ですが受注ステータス一括変更プラグインを導入して一括変更をした際にポイントプラグインで設定したステータス（例えば、発送済み）等へ変更してもポイントの加算が行われません。
一個一個注文のステータスを変更した場合ではポイントの更新は行えています。