umebius様

ありがとうございます。
お教え頂いた方法を参考にディレクトリの位置と該当のファイル内容を変更したところ、なんとかURLの問題は解決いたしました。

http://www.独自ドメイン.com/
↓
http://www.独自ドメイン.com/shop/

ただ、当方が利用しているドメイン設定が、ホスト名.wwwを使用したドメイン設定だった為、管理画面にログインできない症状が発生してしまいました。

.htaccessでwwwをありの設定を行ってみましたが、解決できそうになかったので、ドメインの割り当て設定を変更する事にいたしました。

DNS更新待ちですので、確認が出来ましたら、ご報告いたします。