とりあえず、現状、dtb_category_total_countテーブルの中身に重複データが存在しており、
それを除外したいという事でよろしかったでしょうか？

私の手元に2.11系の環境が無い為、全く同じDB状態を再現して操作する事が出来ないのですが、
SQLでデータを整理する方法はいくつかあるかと思います。

私が個人的に一番手っ取り早いと思うのは、
dtb_category_total_countテーブルをSQL形式でエクスポートして、
内容を直接編集し、dtb_category_total_countテーブルを作り直す事かと思います。

他にも
1.dtb_category_total_count_copyなど新しいテーブルを作成して、
そのテーブルにSELECT TRUNCATE * FROM dtb_category_total_countで抽出した重複無しのデータをインサート。
2.dtb_category_total_countを削除して、dtb_category_total_count_copyをdtb_category_total_countにリネームする
方法もあるかと思います。

どちらの方法にしろDBを直接触る事となりますので、
作業前にバックアップは必須ですね。