こんばんは。
/data/class/pages/entry/LC_Page_Entry.php 204行目付近に入会時のポイントを処理している記述があるのですが、
このあたりがカスタマイズされていたりしませんか？
デフォルトの状態を確認すると特に条件分岐などは無さそうです。


// 入会時ポイント
$CONF = SC_Helper_DB_Ex::sfGetBasisData();
$arrResults['point'] = $CONF['welcome_point'];


または会員情報に関するプラグインを何か利用されてはいないでしょうか？
プラグインで会員登録処理が実行されていて、
上記ソースの箇所が処理されていない可能性などあるかもしれません。