デフォルトのEC-CUBE3.0.10で
商品管理＞商品CSV登録＞雛形ファイルダウンロードを実行した結果、
以下の項目がありました。

商品ID
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ちなみに商品一覧画面のCSVダウンロードには
商品削除フラグはありませんので
そちらと勘違いされている訳では無いでしょうか？
ご確認お願いします。