ECCUBE3系はIDにDBの自動採番を利用しているかと思いますので、
MySQLの場合、自動採番の次の番号をテーブルが保持していますので、
それをSQL等で変更する必要があるかと思います。
ALTER TABLE dtb_category AUTO_INCREMENT=5;

PostgreSQLの場合は、シーケンスを利用していると思いますので、
dtb_category_category_id_seqに対して値を設定すれば良いかと思います。

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株式会社シロハチ
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